2000-ben megjelent új európai vízjog, a Víz Keretirányelv számos új, a magyar vízgazdálkodásban eddig nem művelt, vagy nem a közösségi jog előírásai szerinti vízgazdálkodást gyakorolta.
Az új feladatok középpontjában a hidrológiai szempontok szerint kijelölt vízgyűjtőterületek/ szempontú/ vízgazdálkodása áll. Ez határozta meg a főosztály új nevét. A névváltoztatás természetesen nem jelentette a magyar vízgazdálkodás hagyományaival és sajátosságaival való szakítást, sőt ellenkezőleg, harmonizál az európai közösségi jog elvárásaival.